Surah Al-Fajr, sebagai surah Makkiyah, memiliki kaitan erat dengan surah-surah sebelumnya dan sesudahnya, serta mengandung koherensi internal yang kuat dalam menyampaikan pesan-pesannya. Surah ini datang setelah Al-Ghashiyah (88) yang berbicara tentang Hari Kiamat, surga, dan neraka, serta kontras antara mereka yang beramal dan yang menolak kebenaran. Al-Fajr melanjutkan tema ini dengan memulai sumpah-sumpah ilahi yang mengarahkan perhatian pada tanda-tanda kebesaran Allah di alam semesta dan dalam waktu, khususnya waktu-waktu yang memiliki makna spiritual tinggi seperti fajar dan sepuluh malam pertama Zulhijah. Sumpah-sumpah ini berfungsi sebagai pengantar untuk peringatan tentang kepastian Hari Pembalasan dan pengawasan Allah terhadap segala perbuatan manusia. Selanjutnya, Al-Fajr diikuti oleh Surah Al-Balad (90) yang membahas perjuangan manusia dalam hidup ini dan pilihan antara jalan kebaikan atau kejahatan, sebuah kelanjutan logis dari peringatan dan kritik terhadap sifat manusia yang tamak di Al-Fajr.
Secara internal, Surah Al-Fajr terbagi menjadi beberapa bagian yang saling terkait. Ayat 1-5 adalah sumpah-sumpah yang menarik perhatian kepada kekuasaan Allah dan pentingnya perenungan bagi orang yang berakal. Ini menjadi landasan bagi bagian berikutnya, yaitu Ayat 6-14, yang menceritakan kehancuran kaum-kaum terdahulu (Kaum ‘Ad, Tsamud, dan Fir’aun) akibat kesombongan, kezaliman, dan kerusakan yang mereka perbuat. Kisah-kisah ini berfungsi sebagai bukti nyata dari ‘pengawasan’ Allah yang disebutkan dalam Ayat 14, serta sebagai peringatan keras bagi kaum musyrikin Mekah dan seluruh umat manusia. Setelah itu, Ayat 15-20 mengkritik sifat dasar manusia yang salah dalam memahami ujian Allah, di mana kemudahan dianggap sebagai kemuliaan dan kesulitan sebagai kehinaan, serta perilaku buruk mereka seperti tidak memuliakan anak yatim, tidak mengajak memberi makan orang miskin, memakan harta warisan secara batil, dan mencintai harta secara berlebihan. Kritik ini secara langsung menghubungkan perilaku kaum yang dibinasakan sebelumnya dengan potensi kejatuhan manusia modern.
Akhirnya, Ayat 21-30 menggambarkan kengerian Hari Kiamat dan pembalasan bagi orang-orang yang durhaka, serta janji surga bagi jiwa-jiwa yang tenang. Bagian ini merupakan puncak dari semua peringatan dan kritik sebelumnya, menunjukkan konsekuensi akhir dari pilihan manusia di dunia. Tema sumpah ilahi untuk menegaskan kebenaran adalah umum dalam Al-Qur’an Makkiyah (misalnya Al-Layl, Ad-Duha). Peringatan melalui kisah kaum-kaum terdahulu juga berulang kali disebut (misalnya Al-A’raf, Hud, Ash-Shu’ara). Kritik terhadap materialisme dan penelantaran kaum lemah juga ditemukan di surah lain (misalnya Al-Ma’un, Al-Humazah). Dengan demikian, Al-Fajr secara komprehensif mengaitkan tanda-tanda kebesaran Allah, pelajaran sejarah, kritik perilaku manusia, dan kepastian Hari Akhir dalam satu kesatuan pesan yang kuat.